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# Fluxos de trabalho do Ready2Run em HealthOmics
Os fluxos de trabalho do Ready2Run são fluxos de trabalho pré-configurados publicados por editores terceirizados. Alguns editores, como a Sentieon Inc, oferecem fluxos de trabalho baseados em assinatura. Outros fluxos de trabalho do Ready2Run não exigem uma assinatura, e alguns fluxos de trabalho são de código aberto, como os fluxos de trabalho NF-Core.
Os fluxos de trabalho do Ready2Run são adequados aos seguintes cenários:
+ Você quer se concentrar na análise da saída do pipeline e na geração de resultados, sem a necessidade de configurar a infraestrutura subjacente.
+ Você deseja replicar seus resultados usando fluxos de trabalho estabelecidos.
+ Como desenvolvedor de software, você deseja integrar seu aplicativo diretamente ao HealthOmics SDK.
HealthOmics suporta controle de versão para fluxos de trabalho do Ready2Run. Para um fluxo de trabalho do Ready2Run que oferece versões, você pode especificar o nome da versão ao iniciar uma execução.
Todos os fluxos de trabalho do Ready2Run fornecem registros, incluindo CloudWatch registros, que você pode usar para solucionar problemas.
**nota**
Os fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run são baseados em assinatura. Quando você executa um fluxo de trabalho do Sentieon Ready2Run pela primeira vez em uma conta, o Sentieon cria automaticamente uma licença de avaliação de duas semanas para sua. Conta da AWS A licença é válida para todos os fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run. Após o término do período de avaliação, você poderá solicitar uma licença permanente ou solicitar uma extensão da licença de avaliação. Para mais detalhes, consulte **Subscribing to Sentieon Ready2Run workflows**.
**Topics**
+ [
# Fluxos de trabalho Ready2Run disponíveis em HealthOmics
](workflows-r2r-table.md)
+ [
# Inscrevendo-se nos fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run
](Ready2Run-workflows-subscribe.md)
+ [
# Iniciando fluxos de trabalho do HealthOmics Ready2Run usando o console
](Ready2Run-workflows-console.md)
+ [
# Iniciando fluxos de trabalho do HealthOmics Ready2Run usando a API
](Ready2Run-workflows-API.md)
# Fluxos de trabalho Ready2Run disponíveis em HealthOmics
A tabela a seguir lista os fluxos de trabalho do Ready2Run que estão disponíveis em. HealthOmics
Você pode fazer login no [HealthOmicsconsole](https://console.aws.amazon.com/omics/home#/ready2run) para ver informações detalhadas sobre esses fluxos de trabalho, incluindo parâmetros de entrada e diagramas de fluxo de trabalho. [Para obter informações sobre preços dos fluxos de trabalho do Ready2Run, consulte Preços. HealthOmics ](https://aws.amazon.com/healthomics/pricing/)
**nota**
Cada fluxo de trabalho do Ready2Run tem um tamanho máximo de arquivo de entrada. Esses tamanhos máximos de arquivo não são ajustáveis.
| Nome do fluxo de trabalho | Publicador | É necessária uma assinatura? | Tamanho máximo do arquivo de entrada (GiB) | Tempo de execução estimado (HH:MM) |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| AlphaFold para 601-1200 resíduos | Google DeepMind | Não | 1 | 11:15 |
| AlphaFold para até 600 resíduos | Google DeepMind | Não | 1 | 7:30 |
| Bases2Fastq para 2x150 | Biociências do Elemento | Não | 1000 | 1:45 |
| Bases2Fastq para 2x300 | Biociências do Elemento | Não | 1000 | 1:30 |
| Bases2Fastq para 2x75 | Biociências do Elemento | Não | 500 | 0:45 |
| ESMFold para até 800 resíduos | Metapesquisa | Não | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Instituto Broad | Não | 64 | 10 & 10 |
| Linha germinativa GATK-BP bam2vcf para genoma 30x | Instituto Broad | Não | 39 | 2:45 |
| Linha germinativa GATK-BP fq2vcf para genoma 30x | Instituto Broad | Não | 64 | 12:30 |
| GATK-BP Somatic WES bam2vcf | Instituto Broad | Não | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks DeepVariant Germline WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS para até 30X | Corporação NVIDIA | Não | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks HaplotypeCaller Germline WGS para até 5X | Corporação NVIDIA | Não | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS para até 50X | Corporação NVIDIA | Não | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq com Kallisto BUStools | NF-núcleo | Não | 119 | 1:30 |
| 1 colher de RNAseq chá com salmão frito | NF-núcleo | Não | 119 | 2:30 |
| sc RNAseq com STARsolo | NF-núcleo | Não | 119 | 2:30 |
| Sentieon Germline BAM WES para até 300x | Sentieon, Inc. | Sim | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS para até 32x | Sentieon, Inc. | Sim | 18 | 1:30 |
| Sentieon Germline FASTQ WES por até 100x | Sentieon, Inc. | Sim | 5 | 0:45 |
| Sentieon Germline FASTQ WES por até 300x | Sentieon, Inc. | Sim | 26 | 2:00 |
| Sentieon Germline FASTQ WGS por até 32x | Sentieon, Inc. | Sim | 51 | 3:30 |
| Sentieon LongRead para ONT | Sentieon, Inc. | Sim | 25 | 1:30 |
| Sentieon LongRead para PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Sim | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | Sim | 50 | 2:30 |
| Sentieon Somatic WGS | Sentieon, Inc. | Sim | 113 | 4:30 |
| Ultima Genomics DeepVariant para até 40x | Ultima Genomics | Não | 91 | 1:55 |
Quando você usa um fluxo de trabalho Ready2Run, seu fluxo de trabalho é pré-configurado e não pode ser editado. Ao contrário dos fluxos de trabalho privados, os fluxos de trabalho do Ready2Run não oferecem suporte ao seguinte:
+ Aumentar o tamanho máximo do arquivo de entrada
+ Alterar os recursos computacionais ou executar o armazenamento
+ Alterando a definição do fluxo de trabalho ou os contêineres
+ Adicionar execuções a um grupo de corridas
+ Compartilhando o fluxo de trabalho
Se o editor tiver compartilhado o fluxo de trabalho do Ready2Run GitHub, você poderá criar seu próprio fluxo de trabalho privado com base no fluxo de trabalho do Ready2Run. A tabela a seguir fornece links para GitHub fluxos de trabalho de cada editor.
| Publicador | Fluxos de trabalho em GitHub |
| --- | --- |
| Google DeepMind, Meta Pesquisa | [Fluxos de trabalho para dobrar proteínas](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/protein-folding/workflows) |
| Biociências do Elemento | Para obter informações, entre em contato com a Element Biosciences |
| Instituto Broad | [Fluxos de trabalho do GATK](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/gatk-best-practices/workflows) |
| Corporação NVIDIA | [Fluxos de trabalho do Parabricks](https://github.com/clara-parabricks-workflows/parabricks-omics-private-workflows) |
| nf-core | [Fluxos de trabalho NF-Core](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/nf-core/workflows/scrnaseq) |
| Sentieon | [Fluxos de trabalho do Sentieon](https://github.com/Sentieon/sentieon-amazon-omics) |
| Ultima Genomics | [Fluxos de trabalho da Ultima Genomics](https://github.com/Ultimagen/healthomics-workflows) |
# Inscrevendo-se nos fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run
Os fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run são baseados em assinatura. Quando você executa um fluxo de trabalho do Sentieon Ready2Run pela primeira vez em uma conta, o Sentieon cria automaticamente uma licença de avaliação de duas semanas para sua. Conta da AWS A licença é válida para todos os fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run. Após o término do período de avaliação, você poderá solicitar uma licença permanente ou solicitar uma extensão da licença de avaliação.
Siga estas etapas para assinar os fluxos de trabalho do Sentieon Ready2Run:
+ Encontre sua ID de usuário da AWS Canonical seguindo [estas](https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/userguide/finding-canonical-user-id.html) instruções.
+ Envie um e-mail para o grupo de suporte da Sentieon (support@sentieon.com) para solicitar uma licença de software. Forneça seu ID de usuário AWS canônico no e-mail.
# Iniciando fluxos de trabalho do HealthOmics Ready2Run usando o console
Usar fluxos de trabalho do Ready2Run no console é semelhante ao uso de um fluxo de trabalho privado. Uma diferença importante é que o editor do fluxo de trabalho fornece dados de amostra, para que você possa experimentar o fluxo de trabalho sem criar seus próprios dados.
**Para usar um fluxo de trabalho Ready2Run no console**
1. Abra o [console de HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Se necessário, abra o painel de navegação esquerdo (≡). Escolha fluxos de trabalho do **Ready2Run**.
1. Na página **Fluxos de trabalho do Ready2Run**, escolha o fluxo de trabalho que você deseja usar. O console abre a página de detalhes desse fluxo de trabalho.
1. A guia de detalhes lista informações como nome, preço sugerido por execução, descrição, tipo de idioma do fluxo de trabalho, capacidade de armazenamento da execução, status, data de criação e parâmetros com descrições. A guia de detalhes também informa se o fluxo de trabalho requer uma assinatura.
1. Para usar o fluxo de trabalho, escolha **Criar execução**
1. Na página **Especificar detalhes da execução**, insira um nome de execução. Opcionalmente, você pode especificar a versão do fluxo de trabalho. Você também pode adicionar prioridade de execução à execução.
1. Insira ou selecione um local do Amazon S3 para a saída da execução.
1. Para o **modo de retenção de metadados de execução**, escolha se deseja reter ou remover os metadados de execução.
1. No painel **Função de serviço**, escolha se deseja usar uma função de serviço existente ou criar uma nova.
1. (Opcional) Adicione tags para ajudar a identificar e gerenciar sua corrida.
1. Escolha **Próximo**.
1. Na página **Adicionar parâmetros**, escolha uma das opções para adicionar os valores dos parâmetros de execução:
+ Selecione um arquivo de parâmetros (no formato JSON) em um local do Amazon S3.
+ Selecione um arquivo de parâmetros (no formato JSON) na sua unidade local.
+ Insira manualmente os valores dos parâmetros.
+ Execute o fluxo de trabalho com os dados de amostra do Ready2Run fornecidos pelo editor do fluxo de trabalho.
1. Se você fizer upload de um arquivo JSON, o console analisará o arquivo e executará a validação em linha. Em seguida, você pode atualizar manualmente os valores dos seus parâmetros conforme necessário.
1. Escolha **Próximo**.
1. Revise suas entradas e escolha **Iniciar execução**.
# Iniciando fluxos de trabalho do HealthOmics Ready2Run usando a API
A maioria das operações de API se comporta de forma semelhante para fluxos de trabalho do Ready2Run e fluxos de trabalho privados.
Para retornar uma lista dos fluxos de trabalho disponíveis do Ready2Run, use **list-workflows** com o parâmetro definido como RUN. `type` READY2
```
aws omics list-workflows --type READY2RUN
```
Depois de identificar o fluxo de trabalho a ser executado a partir da resposta **list-workflows**, você pode usar **get-workflow** com o `--id` parâmetro para obter mais detalhes.
```
aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id
```
Para executar um fluxo de trabalho Ready2Run, você pode usar a operação de API **start-run** com o parâmetro de tipo de fluxo de trabalho definido como, conforme mostrado no exemplo a seguir `READY2RUN`
```
aws-omics start-run \
--workflow-type READY2RUN \
--workflow-id workflow id \
--output-uri &example-s3-bucket; \
--role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
--parameters file:///path/to/parameters.json
```
Para especificar uma versão do fluxo de trabalho, use o parâmetro **workflow-version**, conforme mostrado neste exemplo.
```
aws-omics start-run \
--workflow-type READY2RUN \
...
--version-name '3.0.0'
```
Para monitorar sua execução, você pode usar a operação da API **get-run**, conforme mostrado.
```
aws-omics get-run \
--id run id
```