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# HealthOmics で使用可能な Ready2Run ワークフロー
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次の表に、HealthOmics で使用できる Ready2Run ワークフローを示します。

[HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/home#/ready2run)にログインして、入力パラメータやワークフロー図など、これらのワークフローに関する詳細情報を表示できます。Ready2Run ワークフローの料金情報については、[HealthOmics の料金](https://aws.amazon.com/healthomics/pricing/)」を参照してください。

**注記**  
各 Ready2Run ワークフローには最大入力ファイルサイズがあります。これらの最大ファイルサイズは調整できません。


| [Workflow name] (ワークフロー名) | パブリッシャー | サブスクリプションが必要ですか？ | 最大入力ファイルサイズ (GiB) | 推定実行時間 (HH:MM) | 
| --- | --- | --- | --- | --- | 
| AlphaFold for 601-1200  | Google DeepMind | なし | 1 | 11:15 | 
| 最大 600 個のリテンション用の AlphaFold  | Google DeepMind | なし | 1 | 7:30 | 
| Bases2Fastq for 2x150  | 要素バイオサイエンス | なし | 1,000 | 1:45 | 
| 2x300 用の Bases2Fastq  | 要素バイオサイエンス | なし | 1,000 | 1:30 | 
| Bases2Fastq for 2x75  | 要素バイオサイエンス | なし | 500 | 0:45 | 
| 最大 800 個のリテンションに対応する ESMFold  | メタリサーチ | なし | 1 | 0:15 | 
| GATK-BP fq2bam  | ブロードインスティテュート | なし | 64 | 10:10 | 
| 30x ゲノムの GATK-BP Germline bam2vcf  | ブロードインスティテュート | なし | 39 | 2:45 | 
| 30x ゲノム用の GATK-BP Germline fq2vcf  | ブロードインスティテュート | なし | 64 | 12:30 | 
| GATK-BP Somatic WES bam2vcf  | ブロードインスティテュート | なし | 86 | 1:30 | 
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 80 | 1:39 | 
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 120 | 2:45 | 
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 20 | 0:18 | 
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS、最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 1:00 | 
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 1:45 | 
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS 最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 13 | 0:15 | 
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 2:00 | 
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 3:30 | 
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS、最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 12 | 0:30 | 
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 1:15 | 
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 2:00 | 
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 13 | 0:15 | 
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 196 | 0:45 | 
| KallistoBUStools を使用した scRNAseq  | NF-Core | なし | 119 | 1:30 | 
| Salmon Alevin-fry を使用した scRNAseq  | NF-Core | なし | 119 | 2:30 | 
| scRNAseq と STARsolo  | NF-Core | なし | 119 | 2:30 | 
| 最大 300 倍の Sentieon Germline BAM WES  | Sentieon, Inc. | あり | 9 | 1:00 | 
| 最大 32 倍の Sentieon Germline BAM WGS  | Sentieon, Inc. | あり | 18 | 1:30 | 
| 最大 100 倍の Sentieon Germline FASTQ WES  | Sentieon, Inc. | あり | 5 | 0:45 | 
| 最大 300 倍の Sentieon Germline FASTQ WES  | Sentieon, Inc. | あり | 26 | 2:00 | 
| 最大 32 倍の Sentieon Germline FASTQ WGS  | Sentieon, Inc. | あり | 51 | 3:30 | 
| ONT 用 Sentieon LongRead  | Sentieon, Inc. | あり | 25 | 1:30 | 
| PacBio HiFi 用 Sentieon LongRead  | Sentieon, Inc. | あり | 58 | 4:00 | 
| Sentieon Somatic WES  | Sentieon, Inc. | あり | 50 | 2:30 | 
| Sentieon Somatic WGS  | Sentieon, Inc. | あり | 113 | 4:30 | 
| 最大 40 倍の Ultima Genomics DeepVariant  | Ultima ゲノミクス | なし | 91 | 1:55 | 

Ready2Run ワークフローを使用する場合、ワークフローは事前設定されており、編集できません。プライベートワークフローとは対照的に、Ready2Run ワークフローは以下をサポートしていません。
+ 最大入力ファイルサイズを増やす
+ コンピューティングリソースまたは実行ストレージの変更 
+ ワークフロー定義またはコンテナの変更
+ 実行グループへの実行の追加
+ ワークフローの共有

パブリッシャーが GitHub で Ready2Run ワークフローを共有している場合は、Ready2Run ワークフローに基づいて独自のプライベートワークフローを作成できます。次の表は、各パブリッシャーの GitHub ワークフローへのリンクを示しています。


| パブリッシャー | GitHub のワークフロー | 
| --- | --- | 
| Google DeepMind、Meta Research | [タンパク質折りたたみワークフロー](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/protein-folding/workflows) | 
| 要素バイオサイエンス | 詳細については、Element Biosciences にお問い合わせください。 | 
| ブロードインスティテュート | [GATK ワークフロー](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/gatk-best-practices/workflows) | 
| NVIDIA 株式会社 | [Parabricks ワークフロー](https://github.com/clara-parabricks-workflows/parabricks-omics-private-workflows) | 
| nf-core | [NF-Core ワークフロー](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/nf-core/workflows/scrnaseq) | 
| センティオン | [Sentieon ワークフロー](https://github.com/Sentieon/sentieon-amazon-omics) | 
| Ultima ゲノミクス | [Ultima Genomics ワークフロー](https://github.com/Ultimagen/healthomics-workflows) |