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# HealthOmics で Ready2Run ワークフロー
<a name="Ready2Run-workflows"></a>

Ready2Run ワークフローは、サードパーティーのパブリッシャーによって公開される事前設定されたワークフローです。Sentieon Inc などの一部のパブリッシャーは、サブスクリプションベースのワークフローを提供しています。他の Ready2Run ワークフローはサブスクリプションを必要とせず、NF-Core ワークフローなどの一部のワークフローはオープンソースです。

Ready2Run ワークフローは、以下のシナリオに適しています。
+ 基盤となるインフラストラクチャをセットアップすることなく、パイプライン出力の分析と結果の生成に集中したいと考えています。
+ 確立されたワークフローを使用して結果をレプリケートしたい。
+ ソフトウェア開発者は、アプリケーションを HealthOmics SDK と直接統合する必要があります。

HealthOmics は Ready2Run ワークフローのバージョニングをサポートしています。バージョンを提供する Ready2Run ワークフローでは、実行の開始時にバージョン名を指定できます。

すべての Ready2Run ワークフローは、トラブルシューティングに使用できる CloudWatch ログを含むログを提供します。

**注記**  
Sentieon Ready2Run ワークフローはサブスクリプションベースです。Sentieon Ready2Run ワークフローをアカウントで初めて実行すると、Sentieon は の 2 週間の評価ライセンスを自動的に作成します AWS アカウント。ライセンスは、すべての Sentieon Ready2Run ワークフローで有効です。評価期間が終了したら、永続的ライセンスをリクエストするか、評価ライセンスの拡張をリクエストできます。詳細については、「**Subscribing to Sentieon Ready2Run workflows**」を参照してください。

**Topics**
+ [HealthOmics で使用可能な Ready2Run ワークフロー](workflows-r2r-table.md)
+ [Sentieon Ready2Run ワークフローへのサブスクライブ](Ready2Run-workflows-subscribe.md)
+ [コンソールを使用した HealthOmics Ready2Run ワークフローの開始](Ready2Run-workflows-console.md)
+ [API を使用して HealthOmics Ready2Run ワークフローを開始する](Ready2Run-workflows-API.md)

# HealthOmics で使用可能な Ready2Run ワークフロー
<a name="workflows-r2r-table"></a>

次の表に、HealthOmics で使用できる Ready2Run ワークフローを示します。

[HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/home#/ready2run)にログインして、入力パラメータやワークフロー図など、これらのワークフローに関する詳細情報を表示できます。Ready2Run ワークフローの料金情報については、[HealthOmics の料金](https://aws.amazon.com/healthomics/pricing/)」を参照してください。

**注記**  
各 Ready2Run ワークフローには最大入力ファイルサイズがあります。これらの最大ファイルサイズは調整できません。


| [Workflow name] (ワークフロー名) | パブリッシャー | サブスクリプションが必要ですか？ | 最大入力ファイルサイズ (GiB) | 推定実行時間 (HH:MM) | 
| --- | --- | --- | --- | --- | 
| AlphaFold for 601-1200  | Google DeepMind | なし | 1 | 11:15 | 
| 最大 600 個のリテンション用の AlphaFold  | Google DeepMind | なし | 1 | 7:30 | 
| Bases2Fastq for 2x150  | 要素バイオサイエンス | なし | 1,000 | 1:45 | 
| 2x300 用の Bases2Fastq  | 要素バイオサイエンス | なし | 1,000 | 1:30 | 
| Bases2Fastq for 2x75  | 要素バイオサイエンス | なし | 500 | 0:45 | 
| 最大 800 個のリテンションに対応する ESMFold  | メタリサーチ | なし | 1 | 0:15 | 
| GATK-BP fq2bam  | ブロードインスティテュート | なし | 64 | 10:10 | 
| 30x ゲノムの GATK-BP Germline bam2vcf  | ブロードインスティテュート | なし | 39 | 2:45 | 
| 30x ゲノム用の GATK-BP Germline fq2vcf  | ブロードインスティテュート | なし | 64 | 12:30 | 
| GATK-BP Somatic WES bam2vcf  | ブロードインスティテュート | なし | 86 | 1:30 | 
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 80 | 1:39 | 
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 120 | 2:45 | 
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 20 | 0:18 | 
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS、最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 1:00 | 
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 1:45 | 
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS 最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 13 | 0:15 | 
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 2:00 | 
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 3:30 | 
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS、最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 12 | 0:30 | 
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 30X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 1:15 | 
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 2:00 | 
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 5X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 13 | 0:15 | 
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS、最大 50X  | NVIDIA 株式会社 | なし | 196 | 0:45 | 
| KallistoBUStools を使用した scRNAseq  | NF-Core | なし | 119 | 1:30 | 
| Salmon Alevin-fry を使用した scRNAseq  | NF-Core | なし | 119 | 2:30 | 
| scRNAseq と STARsolo  | NF-Core | なし | 119 | 2:30 | 
| 最大 300 倍の Sentieon Germline BAM WES  | Sentieon, Inc. | あり | 9 | 1:00 | 
| 最大 32 倍の Sentieon Germline BAM WGS  | Sentieon, Inc. | あり | 18 | 1:30 | 
| 最大 100 倍の Sentieon Germline FASTQ WES  | Sentieon, Inc. | あり | 5 | 0:45 | 
| 最大 300 倍の Sentieon Germline FASTQ WES  | Sentieon, Inc. | あり | 26 | 2:00 | 
| 最大 32 倍の Sentieon Germline FASTQ WGS  | Sentieon, Inc. | あり | 51 | 3:30 | 
| ONT 用 Sentieon LongRead  | Sentieon, Inc. | あり | 25 | 1:30 | 
| PacBio HiFi 用 Sentieon LongRead  | Sentieon, Inc. | あり | 58 | 4:00 | 
| Sentieon Somatic WES  | Sentieon, Inc. | あり | 50 | 2:30 | 
| Sentieon Somatic WGS  | Sentieon, Inc. | あり | 113 | 4:30 | 
| 最大 40 倍の Ultima Genomics DeepVariant  | Ultima ゲノミクス | なし | 91 | 1:55 | 

Ready2Run ワークフローを使用する場合、ワークフローは事前設定されており、編集できません。プライベートワークフローとは対照的に、Ready2Run ワークフローは以下をサポートしていません。
+ 最大入力ファイルサイズを増やす
+ コンピューティングリソースまたは実行ストレージの変更 
+ ワークフロー定義またはコンテナの変更
+ 実行グループへの実行の追加
+ ワークフローの共有

パブリッシャーが GitHub で Ready2Run ワークフローを共有している場合は、Ready2Run ワークフローに基づいて独自のプライベートワークフローを作成できます。次の表は、各パブリッシャーの GitHub ワークフローへのリンクを示しています。


| パブリッシャー | GitHub のワークフロー | 
| --- | --- | 
| Google DeepMind、Meta Research | [タンパク質折りたたみワークフロー](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/protein-folding/workflows) | 
| 要素バイオサイエンス | 詳細については、Element Biosciences にお問い合わせください。 | 
| ブロードインスティテュート | [GATK ワークフロー](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/gatk-best-practices/workflows) | 
| NVIDIA 株式会社 | [Parabricks ワークフロー](https://github.com/clara-parabricks-workflows/parabricks-omics-private-workflows) | 
| nf-core | [NF-Core ワークフロー](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/nf-core/workflows/scrnaseq) | 
| センティオン | [Sentieon ワークフロー](https://github.com/Sentieon/sentieon-amazon-omics) | 
| Ultima ゲノミクス | [Ultima Genomics ワークフロー](https://github.com/Ultimagen/healthomics-workflows) | 

# Sentieon Ready2Run ワークフローへのサブスクライブ
<a name="Ready2Run-workflows-subscribe"></a>

Sentieon Ready2Run ワークフローはサブスクリプションベースです。Sentieon Ready2Run ワークフローをアカウントで初めて実行すると、Sentieon は の 2 週間の評価ライセンスを自動的に作成します AWS アカウント。ライセンスは、すべての Sentieon Ready2Run ワークフローで有効です。評価期間が終了したら、永続的ライセンスをリクエストするか、評価ライセンスの拡張をリクエストできます。

Sentieon Ready2Run ワークフローをサブスクライブするには、次の手順に従います。
+ [ 以下の手順に従って](https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/userguide/finding-canonical-user-id.html)、 AWS 正規ユーザー ID を見つけます。
+ ソフトウェアライセンスをリクエストするには、Sentieon サポートグループ (support@sentieon.com) に E メールを送信します。E メールに AWS 正規ユーザー ID を入力します。

# コンソールを使用した HealthOmics Ready2Run ワークフローの開始
<a name="Ready2Run-workflows-console"></a>

コンソールでの Ready2Run ワークフローの使用は、プライベートワークフローの使用と似ています。主な違いの 1 つは、ワークフローパブリッシャーが独自のデータを作成せずにワークフローを試すことができるようにサンプルデータを提供することです。

**コンソールで Ready2Run ワークフローを使用するには**

1. [HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/)を開きます。

1.  必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。**Ready2Run ワークフロー**を選択します。

1. **Ready2Run ワークフロー**ページで、使用するワークフローを選択します。コンソールで、そのワークフローの詳細ページが開きます。

1. 詳細タブには、名前、実行あたりの定価、説明、ワークフロー言語タイプ、実行ストレージ容量、ステータス、作成日、説明を含むパラメータなどの情報が一覧表示されます。詳細タブには、ワークフローにサブスクリプションが必要かどうかも表示されます。

1. ワークフローを使用するには、**実行の作成**を選択します。

1. **実行の詳細の指定** ページで、実行名を入力します。必要に応じて、ワークフローバージョンを指定できます。実行に実行優先度を追加することもできます。

1. 実行出力の Amazon S3 の場所を入力または選択します。

1. **メタデータ保持の実行モードでは**、実行メタデータを保持するか削除するかを選択します。

1. **サービスロール**パネルで、既存のサービスロールを使用するか、新しいサービスロールを作成するかを選択します。

1. (オプション) 実行の識別と管理に役立つタグを追加します。

1. [**次へ**] を選択します。

1. **パラメータの追加**ページで、実行パラメータ値を追加するオプションのいずれかを選択します。
   + Amazon S3 の場所からパラメータファイル (JSON 形式) を選択します。
   + ローカルドライブからパラメータファイル (JSON 形式) を選択します。
   + パラメータ値を手動で入力します。
   + ワークフローパブリッシャーが提供する Ready2Run サンプルデータを使用してワークフローを実行します。

1.  JSON ファイルをアップロードすると、コンソールはファイルを解析し、インライン検証を実行します。その後、必要に応じてパラメータの値を手動で更新できます。

1. [**次へ**] を選択します。

1. 入力を確認し、**実行の開始**を選択します。

# API を使用して HealthOmics Ready2Run ワークフローを開始する
<a name="Ready2Run-workflows-API"></a>

ほとんどの API オペレーションは、Ready2Run ワークフローとプライベートワークフローと同様に動作します。

使用可能な Ready2Run ワークフローのリストを返すには、 `type`パラメータを READY2RUN に設定して **list-workflows** を使用します。

```
aws omics list-workflows --type READY2RUN                            
```

list**-workflows** レスポンスから実行するワークフローを特定したら、**get-workflow** と `--id`パラメータを使用して詳細を取得できます。

```
aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id    
```

Ready2Run ワークフローを実行するには、次の例に示すように`READY2RUN`、ワークフロータイプパラメータを に設定して **Start-run** API オペレーションを使用できます。

```
aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \
  --workflow-id workflow id \
  --output-uri &example-s3-bucket; \
  --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
  --parameters file:///path/to/parameters.json
```

ワークフローバージョンを指定するには、この例に示すように Workflow**-version** パラメータを使用します。

```
aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \ 
  ...
  --version-name '3.0.0'
```

実行をモニタリングするには、次に示すように**、get-run** API オペレーションを使用できます。

```
aws-omics get-run \
  --id run id
```