Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
# Alur kerja Ready2Run di HealthOmics
Alur kerja Ready2Run adalah alur kerja yang telah dikonfigurasi sebelumnya yang diterbitkan oleh penerbit pihak ketiga. Beberapa penerbit, seperti Sentieon Inc, menawarkan alur kerja berbasis langganan. Alur kerja Ready2Run lainnya tidak memerlukan langganan, dan beberapa alur kerja bersifat open source, seperti alur kerja NF-Core.
Alur kerja Ready2Run sangat cocok untuk skenario berikut:
+ Anda ingin fokus pada analisis keluaran pipa dan menghasilkan hasil, tanpa perlu menyiapkan infrastruktur yang mendasarinya.
+ Anda ingin mereplikasi hasil Anda menggunakan alur kerja yang telah ditetapkan.
+ Sebagai pengembang perangkat lunak, Anda ingin mengintegrasikan aplikasi Anda secara langsung dengan HealthOmics SDK.
HealthOmics mendukung pembuatan versi untuk alur kerja Ready2Run. Untuk alur kerja Ready2Run yang menawarkan versi, Anda dapat menentukan nama versi saat memulai proses.
Semua alur kerja Ready2Run menyediakan log, termasuk CloudWatch log, yang dapat Anda gunakan untuk pemecahan masalah.
**catatan**
Alur kerja Sentieon Ready2Run berbasis langganan. Saat Anda menjalankan alur kerja Sentieon Ready2Run untuk pertama kalinya di akun, Sentieon secara otomatis membuat lisensi evaluasi dua minggu untuk akun Anda. Akun AWS Lisensi ini berlaku untuk semua alur kerja Sentieon Ready2Run. Setelah periode evaluasi berakhir, Anda dapat meminta lisensi permanen atau meminta perpanjangan lisensi evaluasi. Lihat **Subscribing to Sentieon Ready2Run workflows** untuk detail.
**Topics**
+ [Tersedia alur kerja Ready2Run di HealthOmics](workflows-r2r-table.md)
+ [Berlangganan alur kerja Sentieon Ready2Run](Ready2Run-workflows-subscribe.md)
+ [Memulai HealthOmics alur kerja Ready2Run menggunakan konsol](Ready2Run-workflows-console.md)
+ [Memulai HealthOmics alur kerja Ready2Run menggunakan API](Ready2Run-workflows-API.md)
# Tersedia alur kerja Ready2Run di HealthOmics
Tabel berikut mencantumkan alur kerja Ready2Run yang tersedia di. HealthOmics
Anda dapat masuk ke [HealthOmicskonsol](https://console.aws.amazon.com/omics/home#/ready2run) untuk melihat informasi terperinci tentang alur kerja ini, termasuk parameter input dan diagram alur kerja. [Untuk informasi harga tentang alur kerja Ready2Run, lihat Harga. HealthOmics ](https://aws.amazon.com/healthomics/pricing/)
**catatan**
Setiap alur kerja Ready2Run memiliki ukuran file input maksimum. Ukuran file maksimum ini tidak dapat disesuaikan.
| Nama alur kerja | Penerbit | Diperlukan langganan? | Ukuran file masukan maksimum (GiB) | Perkiraan waktu berjalan (HH: MM) |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| AlphaFold untuk 601-1200 residu | Google DeepMind | Tidak | 1 | 11:15 |
| AlphaFold hingga 600 residu | Google DeepMind | Tidak | 1 | 7:30 |
| Basis2Fastq untuk 2x150 | Elemen Biosains | Tidak | 1000 | 1:45 |
| Basis2Fastq untuk 2x300 | Elemen Biosains | Tidak | 1000 | 1:30 |
| Basis2Fastq untuk 2x75 | Elemen Biosains | Tidak | 500 | 0:45 |
| ESMFold hingga 800 residu | Penelitian Meta | Tidak | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Institut Luas | Tidak | 64 | 10:10 |
| GATK-BP Germline bam2vcf untuk genom 30x | Institut Luas | Tidak | 39 | 2:45 |
| GATK-BP Germline fq2vcf untuk genom 30x | Institut Luas | Tidak | 64 | 12:30 |
| GATK-BP Somatik WES bam2vcf | Institut Luas | Tidak | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hingga 30X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hingga 50X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hingga 5X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hingga 30X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hingga 50X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hingga 5X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hingga 30X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hingga 50X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hingga 5X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hingga 30X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hingga 50X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hingga 5X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS hingga 50X | Perusahaan NVIDIA | Tidak | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq dengan Kallisto BUStools | NF-inti | Tidak | 119 | 1:30 |
| sc RNAseq dengan Salmon Alevin-goreng | NF-inti | Tidak | 119 | 2:30 |
| sc RNAseq dengan STARsolo | NF-inti | Tidak | 119 | 2:30 |
| Sentieon Germline BAM WES hingga 300x | Sentieon, Inc. | Ya | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS hingga 32x | Sentieon, Inc. | Ya | 18 | 1:30 |
| Sentieon Germline FASTQ WES hingga 100x | Sentieon, Inc. | Ya | 5 | 0:45 |
| Sentieon Germline FASTQ WES hingga 300x | Sentieon, Inc. | Ya | 26 | 2:00 |
| Sentieon Germline FASTQ WGS hingga 32x | Sentieon, Inc. | Ya | 51 | 3:30 |
| Sentieon LongRead untuk ONT | Sentieon, Inc. | Ya | 25 | 1:30 |
| Sentieon LongRead untuk PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Ya | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatik WES | Sentieon, Inc. | Ya | 50 | 2:30 |
| Sentieon Somatik WGS | Sentieon, Inc. | Ya | 113 | 4:30 |
| Ultima Genomics hingga DeepVariant 40x | Genomik Ultima | Tidak | 91 | 1:55 |
Saat Anda menggunakan alur kerja Ready2Run, alur kerja Anda sudah dikonfigurasi sebelumnya dan tidak dapat diedit. Berbeda dengan alur kerja pribadi, alur kerja Ready2Run tidak mendukung hal berikut:
+ Meningkatkan ukuran file input maksimum
+ Mengubah sumber daya komputasi atau menjalankan penyimpanan
+ Mengubah definisi alur kerja atau kontainer
+ Menambahkan run ke grup run
+ Berbagi alur kerja
Jika penerbit telah membagikan alur kerja Ready2Run GitHub, Anda dapat membuat alur kerja pribadi Anda sendiri berdasarkan alur kerja Ready2Run. Tabel berikut menyediakan link ke GitHub alur kerja untuk setiap penerbit.
| Penerbit | Alur kerja pada GitHub |
| --- | --- |
| Google DeepMind, Penelitian Meta | [Alur kerja pelipatan protein](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/protein-folding/workflows) |
| Elemen Biosains | Untuk informasi, hubungi Element Biosciences |
| Institut Luas | [Alur kerja GATK](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/gatk-best-practices/workflows) |
| Perusahaan NVIDIA | [Alur kerja parabricks](https://github.com/clara-parabricks-workflows/parabricks-omics-private-workflows) |
| nf-inti | [Alur kerja NF-Core](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/nf-core/workflows/scrnaseq) |
| Sentimeon | [Alur kerja Sentieon](https://github.com/Sentieon/sentieon-amazon-omics) |
| Genomik Ultima | [Alur kerja Ultima Genomics](https://github.com/Ultimagen/healthomics-workflows) |
# Berlangganan alur kerja Sentieon Ready2Run
Alur kerja Sentieon Ready2Run berbasis langganan. Saat Anda menjalankan alur kerja Sentieon Ready2Run untuk pertama kalinya di akun, Sentieon secara otomatis membuat lisensi evaluasi dua minggu untuk akun Anda. Akun AWS Lisensi ini berlaku untuk semua alur kerja Sentieon Ready2Run. Setelah periode evaluasi berakhir, Anda dapat meminta lisensi permanen atau meminta perpanjangan lisensi evaluasi.
Ikuti langkah-langkah ini untuk berlangganan alur kerja Sentieon Ready2Run:
+ Temukan ID Pengguna AWS Canonical Anda dengan mengikuti petunjuk [ini](https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/userguide/finding-canonical-user-id.html).
+ Kirim email ke grup dukungan Sentieon (support@sentieon.com) untuk meminta lisensi perangkat lunak. Berikan ID Pengguna AWS Canonical Anda di email.
# Memulai HealthOmics alur kerja Ready2Run menggunakan konsol
Menggunakan alur kerja Ready2Run di konsol mirip dengan menggunakan alur kerja pribadi. Salah satu perbedaan utama adalah bahwa penerbit alur kerja menyediakan data sampel, sehingga Anda dapat mencoba alur kerja tanpa membuat data Anda sendiri.
**Untuk menggunakan alur kerja Ready2Run di konsol**
1. Buka [konsol HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih **alur kerja Ready2Run**.
1. Pada halaman alur **kerja Ready2Run**, pilih alur kerja yang ingin Anda gunakan. Konsol membuka halaman detail untuk alur kerja itu.
1. Tab detail mencantumkan informasi seperti nama, harga daftar per proses, deskripsi, jenis bahasa alur kerja, kapasitas penyimpanan jalankan, status, tanggal pembuatan, dan parameter dengan deskripsi. Tab detail juga memberi tahu Anda apakah alur kerja memerlukan langganan.
1. Untuk menggunakan alur kerja, pilih **Buat jalankan**
1. Di halaman **Tentukan rincian jalankan**, masukkan nama jalankan. Secara opsional, Anda dapat menentukan versi alur kerja. Anda juga dapat menambahkan prioritas run ke run.
1. Masukkan atau pilih lokasi Amazon S3 untuk output run.
1. Untuk **mode penyimpanan metadata Jalankan**, pilih apakah akan mempertahankan atau menghapus metadata run.
1. Di panel **peran Layanan**, pilih apakah akan menggunakan peran layanan yang ada atau membuat yang baru.
1. (Opsional) Tambahkan tag untuk membantu mengidentifikasi dan mengelola proses Anda.
1. Pilih **Berikutnya**.
1. Dari halaman **Tambahkan parameter**, pilih salah satu opsi untuk menambahkan nilai parameter run:
+ Pilih file parameter (dalam format JSON) dari lokasi Amazon S3.
+ Pilih file parameter (dalam format JSON) dari drive lokal Anda.
+ Masukkan nilai parameter secara manual.
+ Jalankan alur kerja dengan data sampel Ready2Run yang disediakan oleh penerbit alur kerja.
1. Jika Anda mengunggah file JSON, konsol mem-parsing file dan melakukan validasi sebaris. Anda kemudian dapat memperbarui nilai parameter Anda secara manual sesuai kebutuhan.
1. Pilih **Berikutnya**.
1. Tinjau input Anda, lalu pilih **Mulai jalankan**.
# Memulai HealthOmics alur kerja Ready2Run menggunakan API
Sebagian besar operasi API berperilaku serupa untuk alur kerja Ready2Run dan alur kerja pribadi.
Untuk mengembalikan daftar alur kerja Ready2Run yang tersedia, gunakan **daftar-alur kerja dengan parameter yang disetel ke** RUN. `type` READY2
```
aws omics list-workflows --type READY2RUN
```
Setelah mengidentifikasi alur kerja yang akan dijalankan dari respons **list-alur kerja, Anda dapat menggunakan **get-workflow**** dengan parameter untuk mendapatkan detail selengkapnya. `--id`
```
aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id
```
Untuk menjalankan alur kerja Ready2Run, Anda dapat menggunakan operasi API **start-run** dengan parameter tipe alur kerja yang disetel ke, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut `READY2RUN`
```
aws-omics start-run \
--workflow-type READY2RUN \
--workflow-id workflow id \
--output-uri &example-s3-bucket; \
--role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
--parameters file:///path/to/parameters.json
```
Untuk menentukan versi alur kerja, gunakan parameter **versi alur kerja, seperti yang** ditunjukkan dalam contoh ini.
```
aws-omics start-run \
--workflow-type READY2RUN \
...
--version-name '3.0.0'
```
Untuk memantau proses Anda, Anda dapat menggunakan operasi **get-run** API, seperti yang ditunjukkan.
```
aws-omics get-run \
--id run id
```