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# Flujos de trabajo Ready2Run en HealthOmics
Los flujos de trabajo de Ready2Run son flujos de trabajo preconfigurados publicados por editores externos. Algunos editores, como Sentieon Inc., ofrecen flujos de trabajo por suscripción. Otros flujos de trabajo de Ready2Run no requieren suscripción y algunos flujos de trabajo son de código abierto, como los flujos de trabajo NF-Core.
Los flujos de trabajo de Ready2Run se adaptan bien a los siguientes escenarios:
+ Desea centrarse en el análisis de los resultados de la canalización y en la generación de resultados, sin necesidad de configurar la infraestructura subyacente.
+ Desea replicar sus resultados mediante flujos de trabajo establecidos.
+ Como desarrollador de software, desea integrar su aplicación directamente con el HealthOmics SDK.
HealthOmics admite el control de versiones para los flujos de trabajo de Ready2Run. Para un flujo de trabajo de Ready2Run que ofrezca versiones, puede especificar el nombre de la versión al iniciar una ejecución.
Todos los flujos de trabajo de Ready2Run proporcionan registros, incluidos CloudWatch los registros, que puede utilizar para solucionar problemas.
**nota**
Los flujos de trabajo Ready2Run de Sentieon se basan en suscripciones. Cuando ejecutas un flujo de trabajo Ready2Run de Sentieon por primera vez en una cuenta, Sentieon crea automáticamente una licencia de evaluación de dos semanas para ti. Cuenta de AWS La licencia es válida para todos los flujos de trabajo Ready2Run de Sentieon. Una vez finalizado el período de evaluación, puede solicitar una licencia permanente o solicitar una extensión de la licencia de evaluación. Para obtener más información, consulte **Subscribing to Sentieon Ready2Run workflows**.
**Topics**
+ [
# Flujos de trabajo Ready2Run disponibles en HealthOmics
](workflows-r2r-table.md)
+ [
# Suscribirse a los flujos de trabajo de Sentieon Ready2Run
](Ready2Run-workflows-subscribe.md)
+ [
# Iniciar los flujos de trabajo de HealthOmics Ready2Run mediante la consola
](Ready2Run-workflows-console.md)
+ [
# Iniciar los flujos de trabajo de HealthOmics Ready2Run mediante la API
](Ready2Run-workflows-API.md)
# Flujos de trabajo Ready2Run disponibles en HealthOmics
En la siguiente tabla se enumeran los flujos de trabajo de Ready2Run que están disponibles en. HealthOmics
Puede iniciar sesión en la [HealthOmicsconsola](https://console.aws.amazon.com/omics/home#/ready2run) para ver información detallada sobre estos flujos de trabajo, incluidos los parámetros de entrada y los diagramas de flujo de trabajo. [Para obtener información sobre los precios de los flujos de trabajo de Ready2Run, consulte HealthOmics Precios.](https://aws.amazon.com/healthomics/pricing/)
**nota**
Cada flujo de trabajo de Ready2Run tiene un tamaño máximo de archivo de entrada. Estos tamaños máximos de archivo no se pueden ajustar.
| Nombre del flujo de trabajo | Publicador | ¿Es necesaria una suscripción? | Tamaño máximo del archivo de entrada (GiB) | Tiempo de ejecución estimado (HH:MM) |
| --- | --- | --- | --- | --- |
| AlphaFold para 601-1200 residuos | Google DeepMind | No | 1 | 11:15 |
| AlphaFold para hasta 600 residuos | Google DeepMind | No | 1 | 7:30 |
| Base2Fastq para 2x150 | Element Biosciences | No | 1 000 | 1:45 |
| Base2Fastq para 2x300 | Element Biosciences | No | 1 000 | 1:30 |
| Base2Fastq para 2x75 | Element Biosciences | No | 500 | 0:45 |
| ESMFold para hasta 800 residuos | Meta Research | No | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Instituto Broad | No | 64 | 10:10 |
| Línea germinal bam2vcf de GATK-BP para un genoma de 30 veces | Instituto Broad | No | 39 | 2:45 |
| Línea germinal gatK-BP fq2vcf para un genoma de 30x | Instituto Broad | No | 64 | 12:30 |
| GATK-BP Somatic ES bam2vcf | Instituto Broad | No | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq con Kallisto BUStools | Núcleo NF | No | 119 | 1:30 |
| sc RNAseq con salmón alevín frito | Núcleo NF | No | 119 | 2:30 |
| sc RNAseq con STARsolo | Núcleo NF | No | 119 | 2:30 |
| Sentieon Germline BAM WES hasta 300 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS hasta 32 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 18 | 1:30 |
| Sention Germline FASTA WES hasta 100 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 5 | 0:45 |
| Sention Germline FASTA WES hasta 300 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 26 | 2:00 |
| Sention Termline FASTA WGS hasta 32 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 51 | 3:30 |
| Sentición para ONT LongRead | Sentieon, Inc. | Sí | 25 | 1:30 |
| Sentimiento LongRead por PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Sí | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | Sí | 50 | 2:30 |
| Sention Somatic WGS | Sentieon, Inc. | Sí | 113 | 4:30 |
| Ultima Genomics hasta 40 DeepVariant veces | Ultima Genomics | No | 91 | 1:55 |
Cuando utilizas un flujo de trabajo Ready2Run, el flujo de trabajo está preconfigurado y no se puede editar. A diferencia de los flujos de trabajo privados, los flujos de trabajo de Ready2Run no admiten lo siguiente:
+ Aumentar el tamaño máximo del archivo de entrada
+ Cambiar los recursos informáticos o ejecutar el almacenamiento
+ Cambiar la definición del flujo de trabajo o los contenedores
+ Añadir corridas a un grupo de corridas
+ Compartir el flujo de trabajo
Si el editor ha compartido el flujo de trabajo de Ready2Run GitHub, usted puede crear su propio flujo de trabajo privado basado en el flujo de trabajo de Ready2Run. En la siguiente tabla se proporcionan enlaces a los GitHub flujos de trabajo de cada editor.
| Publicador | Flujos de trabajo en GitHub |
| --- | --- |
| Google DeepMind, Meta Research | [Flujos de trabajo de plegado](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/protein-folding/workflows) |
| Element Biosciences | Para obtener información, póngase en contacto con Element Biosciences |
| Instituto Broad | [Flujos de trabajo de GATK](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/gatk-best-practices/workflows) |
| Corporación NVIDIA | [Flujos de trabajo de Parabricks](https://github.com/clara-parabricks-workflows/parabricks-omics-private-workflows) |
| nf-core | [Flujos de trabajo de NF-Core](https://github.com/aws-samples/amazon-omics-tutorials/tree/main/example-workflows/nf-core/workflows/scrnaseq) |
| Sention | [Flujos de trabajo de Sentieon](https://github.com/Sentieon/sentieon-amazon-omics) |
| Ultima Genomics | [Flujos de trabajo de Ultima Genomics](https://github.com/Ultimagen/healthomics-workflows) |
# Suscribirse a los flujos de trabajo de Sentieon Ready2Run
Los flujos de trabajo Ready2Run de Sentieon se basan en suscripciones. Cuando ejecutas un flujo de trabajo Ready2Run de Sentieon por primera vez en una cuenta, Sentieon crea automáticamente una licencia de evaluación de dos semanas para ti. Cuenta de AWS La licencia es válida para todos los flujos de trabajo Ready2Run de Sentieon. Una vez finalizado el período de evaluación, puede solicitar una licencia permanente o solicitar una extensión de la licencia de evaluación.
Siga estos pasos para suscribirse a los flujos de trabajo de Sentieon Ready2Run:
+ [Encuentra tu AWS seudónimo de Canonical siguiendo estas instrucciones.](https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/userguide/finding-canonical-user-id.html)
+ Envía un correo electrónico al grupo de soporte de Sentieon (support@sentieon.com) para solicitar una licencia de software. Introduce tu AWS seudónimo de Canonical en el correo electrónico.
# Iniciar los flujos de trabajo de HealthOmics Ready2Run mediante la consola
El uso de los flujos de trabajo de Ready2Run en la consola es similar al uso de un flujo de trabajo privado. Una diferencia clave es que el editor del flujo de trabajo proporciona datos de muestra, de modo que puede probar el flujo de trabajo sin tener que crear sus propios datos.
**Para usar un flujo de trabajo Ready2Run en la consola**
1. Abra la [consola de HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Si es necesario, abra el panel de navegación izquierdo (≡). Elija los flujos de **trabajo Ready2Run**.
1. En la página de **flujos de trabajo de Ready2Run**, elija el flujo de trabajo que desee usar. La consola abre la página de detalles de ese flujo de trabajo.
1. La pestaña de detalles muestra información como el nombre, el precio de lista por ejecución, la descripción, el tipo de idioma del flujo de trabajo, la capacidad de almacenamiento de la ejecución, el estado, la fecha de creación y los parámetros con descripciones. La pestaña de detalles también indica si el flujo de trabajo requiere una suscripción.
1. Para usar el flujo de trabajo, selecciona **Crear ejecución**
1. En la página **Especificar los detalles de la ejecución**, introduzca un nombre de ejecución. Si lo desea, puede especificar la versión del flujo de trabajo. También puede añadir prioridad de ejecución a la ejecución.
1. Introduzca o seleccione una ubicación de Amazon S3 para el resultado de la ejecución.
1. En el **modo de retención de metadatos de ejecución**, elija si desea conservar o eliminar los metadatos de ejecución.
1. En el panel de **funciones de servicio**, elija si desea utilizar una función de servicio existente o crear una nueva.
1. (Opcional) Añade etiquetas para ayudar a identificar y gestionar tu carrera.
1. Elija **Siguiente**.
1. En la página **Añadir parámetros**, elige una de las opciones para añadir los valores de los parámetros de ejecución:
+ Seleccione un archivo de parámetros (en formato JSON) de una ubicación de Amazon S3.
+ Seleccione un archivo de parámetros (en formato JSON) de su unidad local.
+ Introduzca manualmente los valores de los parámetros.
+ Ejecute el flujo de trabajo con los datos de ejemplo de Ready2Run proporcionados por el editor del flujo de trabajo.
1. Si carga un archivo JSON, la consola analiza el archivo y realiza la validación en línea. A continuación, puede actualizar manualmente los valores de sus parámetros según sea necesario.
1. Elija **Siguiente**.
1. Revisa las entradas y, a continuación, selecciona **Iniciar ejecución**.
# Iniciar los flujos de trabajo de HealthOmics Ready2Run mediante la API
La mayoría de las operaciones de la API se comportan de forma similar para los flujos de trabajo de Ready2Run y los flujos de trabajo privados.
Para obtener una lista de los flujos de trabajo de Ready2Run disponibles, utilice **list-workflows** con el parámetro establecido en RUN. `type` READY2
```
aws omics list-workflows --type READY2RUN
```
Tras identificar el flujo de trabajo que se va a ejecutar a partir de la respuesta **list-workflows**, puede usar **get-workflow** con el parámetro para obtener más detalles. `--id`
```
aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id
```
Para ejecutar un flujo de trabajo Ready2Run, puedes usar la operación API de **inicio y ejecución con el parámetro** de tipo de flujo de trabajo establecido en, como se muestra en el siguiente ejemplo `READY2RUN`
```
aws-omics start-run \
--workflow-type READY2RUN \
--workflow-id workflow id \
--output-uri &example-s3-bucket; \
--role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
--parameters file:///path/to/parameters.json
```
Para especificar una versión del flujo de trabajo, utilice el parámetro **workflow-version, como se muestra en este ejemplo**.
```
aws-omics start-run \
--workflow-type READY2RUN \
...
--version-name '3.0.0'
```
Para supervisar tu ejecución, puedes usar la operación de API **get-run**, como se muestra.
```
aws-omics get-run \
--id run id
```